Trường THPT Thanh Nưa - Huyện Điện Biên được thành lập theo Quyết định số 966/QĐ-UBND ngày 28 tháng 7 năm 2008 của UBND tỉnh Điện Biên. Tháng 7 năm 2009, Trường bắt đầu đi vào hoạt động. Trường đóng trên địa bàn đội 25 Hồng Lệnh - Xã Thanh Nưa - Huyện Điện Biên; Ban đầu nhà trường chỉ có 04 lớp, 164 học sinh, hơn 20 CB-GV-NV. Qua hành trình 10 năm xây dựng và phát triển (2009- 2019),vượt qua bao khó khăn gian khổ, thử thách, nhà trường đã phát triển đi lên và đạt được những thành tựu giáo dục rất đáng tự hào. 
       Những ngày đầu thành lập, cơ sở vật chất còn thiếu thốn với 4 lớp học, tổng số 17 cán bộ giáo viên, trường đang xây dựng cơ sở vật chất phải học nhờ ở sơ sở của trường Tiểu học và THCS xã Thanh Nưa, nhưng nhà trường luôn xác định nâng cao chất lượng giáo dục cho con em đồng bào dân tộc là mục tiêu giáo dục hàng đầu. Hiệu suất đào tạo của nhà trường đạt trên 70%
Đến nay, Nhà trường có 40 cán bộ, giáo viên, nhân viên. Trong đó có 03 cán bộ quản lí, 29 giáo viên trực tiếp giảng dạy. 100% cán bộ quản lý, giáo viên có trình độ chuẩn và trên chuẩn. Có 7 cán bộ, giáo viên đạt danh hiệu Giáo viên dạy giỏi cấp Tỉnh; Có 14/29 giáo viên đạt danh hiệu Giáo viên dạy giỏi cấp trường
Chất lượng giáo dục không ngừng được nâng lên. Số lượng học sinh giỏi cấp tỉnh (giai đoạn 2015-2019)  đạt 107 em, tăng so với giai đoạn 05 năm đầu. Tỷ lệ học sinh chuyển lớp hàng năm đạt trên 95%, trong đó tỷ lệ học sinh có học lực khá, giỏi trung bình đạt: 44.2%. Tỷ lệ học sinh đỗ tốt nghiệp trung bình hàng năm đạt: 97,9%, trong đó nhiều năm đạt 100%. Trường được công nhận là trường THPT đạt chuẩn Quốc Gia trong lộ trình sớm nhất 04 năm sau khi thành lập (năm 2014).
       Về danh hiệu thi đua và khen thưởng tập thể: Nhà trường đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc, vinh dự được nhận bằng khen của UBNN tỉnh. 01 giáo viên được Thủ tưởng Chính Phủ tặng bằng khen; 02 giáo viên được Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng bằng khen; 05 giáo viên được UBND Tỉnh tặng bằng khen; có 02 cá nhân đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua cấp tỉnh; 53 lượt giáo viên của trường được tặng danh hiệu CSTĐ cấp cơ sở.
Hoạt  động Thể dục thể thao, văn hóa văn nghệ đã đạt được nhiều thành tích. Tại Đại hội Thể dục thể thao ngành Giáo dục năm 2018, trường THPT Thanh Nưa đạt giải Nhất toàn đoàn, đây là niềm vinh dự cũng là sự khẳng định cho tinh thần quyết tâm vượt khó để xây dựng và phát triển phong trào thể dục, thể thao nhà trường. Bên cạnh đó hoạt động văn hóa, văn nghệ luôn được nhà trường quan tâm đặc biệt tạo ra môi trường giáo dục đa văn hóa phù hợp với đặc thù nhà trường, nhu cầu, nguyện vọng của học sinh dân tộc thiểu số.
       Đạt được những thành tích đáng tự hào như trên là nhờ sự quan tâm, chỉ đạo kịp thời của Cấp ủy, Chính quyền các cấp, Sở Giáo dục Đào tạo và Chi bộ Đảng nhà trường. Được thành lập năm 2009, ban đầu Chi bộ Đảng chỉ có 4 thành viên, trong đó 3 đảng viên chính thức, 1 đảng viên dự bị. Qua 10 năm xây dựng và phát triển của nhà trường. Đến nay, Chi bộ trường THPT Thanh Nưa đã có 22 đảng viên. Chi bộ Đảng nhà trường đã vinh dự được nhận bằng khen của Tỉnh về thành tích 3 năm thực hiện tốt chỉ thị 05 “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”, nhiều năm lền đạt Chi bộ “Trong sạch, vững mạnh”, được Đảng Bộ Huyện Điện Biên khen thưởng.
       Từ một trường mới thành lập, năm đầu tiên phải đi mượn cơ sở vật chất để dạy và học, lực lượng CB-GV-NV chưa được đáp ứng cả về số lượng và chất lượng; đặc biệt chất lượng học sinh đầu vào quá thấp. Đến nay ngôi trường THPT Thanh Nưa đã khang trang, bề thế; khuôn viên rộng rãi với diện tích 36.000 m²; môi trường xanh, sạch, đẹp, an toàn. Năm 2016, trường được đầu tư nhà đa năng hiện đại. Các hoạt động giáo dục của nhà trường ngày càng được nâng cao về chất lượng, tạo sự hứng thú, khích lệ niềm say mê học tập, bồi đắp tình cảm yêu thầy mến bạn, tình yêu quê hương đất nước của các thế hệ học sinh. Trường THPT Thanh Nưa- Huyện Điện Biên đã trở thành một địa chỉ giáo dục đáng tin cậy đối với nhân dân và học sinh trên địa bàn Tỉnh Điện Biên với sứ mạng nhân văn cao cả: “Tình thương - trách nhiệm - chất lượng - hiệu quả”